Το Ταμείο διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο, το οποίο διαχειρίζεται την περιουσία αυτού, συντάσσει τον ετήσιο προϋπολογισμό και απολογισμό διαχειρίσεως, επιμελείται της είσπραξης των εσόδων, συνάπτει συμβάσεις με απευθείας αναθέσεις μελετών, τεχνικών έργων, κατά τις κείμενες διατάξεις, συνάπτει δάνεια, επιμελείται της εκμίσθωσης ή εκποίησης των ακινήτων που ανήκουν στο Ταμείο με οποιοδήποτε Τρόπο, παρέχει τα αναγκαία χρηματικά ποσά μετά από πρόταση του Υπουργού Δικαιοσύνης Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, προς εκπλήρωση των σκοπών του Ταμείου.

Το Διοικητικό Συμβούλιο αποτελείται από:

• Τον Γενικό Γραμματέα του Υπουργείου Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, ως Πρόεδρο.
• Έναν Σύμβουλο του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους, που υποδεικνύεται από τον οικείο Πρόεδρο, ως Αντιπρόεδρο.
• Έναν υπάλληλο της Κεντρικής Υπηρεσίας του Υπουργείου Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων που είναι τουλάχιστον Προϊστάμενος Διεύθυνσης, αναπληρούμενος από Προϊστάμενο άλλης Διεύθυνσης, ή ένα υπηρεσιακό στέλεχος εποπτευόμενου, από το Υπουργείο Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, φορέα.
• Έναν Πολιτικό ή Μηχανολόγο Μηχανικό του Υπουργείου Οικονομίας, Υποδομών, Ναυτιλίας και Τουρισμού, που υποδεικνύεται από τον οικείο Υπουργό ή της Εταιρίας Ακινήτων του Δημοσίου, που υποδεικνύεται από το Διοικητικό Συμβούλιό της.
• Τρείς Δικηγόρους, ένας δε από αυτούς από το Δικηγορικό Σύλλογο Αθηνών.